《政府采購法》規定供應商要以書面形式提出質疑，但是對于質疑具體應當包括哪些內容卻未予以明確。根據《政府采購供應商投訴處理辦法》和相關法律規定，筆者認為供應商質疑的形式要件主要包括以下幾個方面：一是按照政府采購法的規定，質疑必須以書面形式提出。二是質疑須在法律規定的期限內提出。三是質疑須有具體的事項、事實依據和相關證明材料。四是質疑應當署名，質疑人為自然人的，應當由本人簽字；質疑人為法人或其他組織的，應當由法定代表人（主要負責人）簽字或項目授權代理人簽字并加蓋公章。只有質疑符合以上形式要件，采購機構才能受理，否則應告知供應商修改后重新提出。
    如何確定相關期限的起止時間
    《政府采購法》規定供應商提出質疑的期限為知道或應知其權益受到損害之日起七個工作日，采購機構答復質疑的期限為收到書面質疑后七個工作日。政府采購法雖然規定了質疑提出和答復的期限，但是在具體適用過程中如何計算期限的起止時間還需要進一步明確。《民法通則》規定：“按照日、月、年計算期間的，開始的當天不算入，從下一天開始計算。期間的最后一天是星期日或者其他法定休假日的，以休假日的次日為期間的最后一天。期間的最后一天的截止時間為二十四點。有業務時間的，到停止業務活動的時間截止。” 根據《民法通則》的相關規定，我們可以明確供應商提出質疑期限的起算點為知道或應知權益受到損害之日的第二天，期限的截止日如為法定休假日的，則以休假日的次日為最后一天，截止時間為業務活動停止時間。質疑答復的期限起算點為收到書面質疑的第二天，但是如果經審查質疑不符合要求，告知供應商修改后重新提出的，以重新提出質疑并受理之日的第二天為質疑答復的起算點。質疑答復期限截止日的確定與質疑提出期限截止日的確定方法相同。
     如何確定供應商質疑是否超出期限
    《政府采購法》對供應商質疑處理借鑒了《民法通則》對于訴訟時效的規定。《民法通則》規定：“向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為二年，法律另有規定的除外” 、“訴訟時效期間從知道或者應當知道權利被侵害時起計算。”通過以上規定我們可以看出人民法院對民事權利的保護有時間上的限制，期間的起算點從知道或應當知道權利被侵害時起計算。《政府采購法》對供應商的質疑期限規定為七個工作日，超出期限，采購機構可以不予受理質疑。在具體操作時，如何確定供應商質疑期限的起算點即如何確定供應商知道或者應知其權益受到損害的時間關系到認定供應商質疑是否超期限和采購機構是否受理的問題。根據《政府采購法》對供應商質疑的相關規定，在確定質疑期限起算點時可以分為以下三種情況區別對待：一是供應商如果對采購文件提起質疑，確定其質疑的起始時間應為采購文件領取時間，因為供應商領取了采購文件我們就可以認定其知道或應知采購文件內容是否對其權益造成了損害。二是對于采購過程提出質疑的時間，應具體問題具體分析，一般情況下應認定為采購過程中某一采購行為通過相關途徑為供應商所知的時間為起始時間。三是對于采購結果提出質疑的時間，應認定為采購結果公開對外宣布的時間，采購結果一經宣布，供應商就可以判斷其權益是否受到侵害。
    此外，在確定供應商質疑是否超出期限時還應注意通過郵寄送達質疑而產生的問題。特別是一些外地供應商，從節約成本的角度考慮，往往采取郵寄的方式提出質疑。由于郵寄需要一定的在途時間，雖然寄出時在期限之內，但寄到時有可能已在期限之外了。根據民法理論中的發信主義，筆者認為只要郵件寄出的時間在有效期限內，就可以認定為質疑的提出是在有效期限內，這樣可以有效避免因各種因素導致郵件在途時間延長而對供應商權益所造成的損害。
    質疑處理的各個環節均應采取書面形式
    采購機構應特別注意在質疑處理的各個環節均應采取書面形式，留有書面證據，避免供應商投訴時，無證可對。《政府采購法》規定質疑的提出和處理結果均須采取書面形式。財政部2007年新出臺的《財政部關于加強政府采購供應商投訴受理審查工作的通知》中，第二個問題專門規定“不予受理的投訴要書面告知”，參考財政部對供應商投訴的做法，采購機構在不予受理質疑時也應采取書面形式告知。除了以上規定外，筆者認為以下各環節中均應采取書面形式。一是專門負責質疑處理的人員應設置質疑處理登記薄，包括項目名稱、項目編號、項目部室、質疑供應商、質疑時間、質疑內容、答復時間等內容，方便查詢和掌握質疑處理的整個過程，為事后應對供應商投訴做好準備工作。二是供應商當場送達質疑時，應出具統一格式的質疑簽收證明；郵寄送達時應保存信封或特快專遞信息聯等有效證明。三是質疑答復書當場送達時，應出具統一格式的質疑答復書簽收證明；郵寄送達時，應采取掛號信或特快專遞等能夠留有書面郵寄證明的方式寄出，并保存相關的郵寄證明。
    項目操作部室與質疑處理部室應相互分離
   對于供應商質疑具體由采購機構的哪個部室來負責處理，法律并未做出明確的規定，各個采購機構的做法也不相同，有的是由項目操作部室直接處理質疑，有的是由綜合部室負責處理。筆者認為在供應商質疑處理問題上應采取項目操作部室與質疑處理部室相互分離的原則。由于項目操作部室是采購項目的具體操作部室，在處理質疑時難免會先入為主，對于質疑的處理很難保證客觀公正，而且即使處理結果是客觀公正的，但因為是“自己評價自己”，也很難讓供應商信服。綜觀各類糾紛的處理機制，筆者認為由采購機構中較為中立的綜合部室負責具體處理供應商質疑是較為恰當的，這樣做一方面可以建立健全采購機構相互制約、相互分離的內部監督制約機制，另一方面在制度上可以保證質疑處理的客觀公正性。